Notícia

Bioinformática e ciências genômicas

Divulgação, USP

Fonte

USP

Data

quinta-feira, 6 agosto 2015 09:45

Áreas

Bioinformática. Genômica.

Objetos de estudo tão diversos como uma bactéria que causa doenças em laranjeiras, câncer de próstata e diversidade microbiana em um zoológico estão reunidos em um mesmo núcleo de pesquisa na Universidade de São Paulo (USP). O que aproxima estes projetos é a necessidade de processamento de numerosos dados de genômica, possível somente com o uso de recursos sofisticados da computação.

O Núcleo de Pesquisa em Biologia Computacional e Genômica (Nubic), coordenado pelo professor do Instituto de Química (IQ) da USP Dr. João Carlos Setubal, surgiu com o intuito de integrar os pesquisadores que desenvolvem ferramentas de informática voltadas a questões biológicas e os cientistas que precisam delas. “Desta forma as áreas podem conversar e, em alguns casos, ver que têm problemas em comum. Faz sentido ter um bioinformata trabalhando tanto com a expressão gênica em câncer de próstata como com doença em pé de laranja porque o dado é da mesma natureza e o processamento é muito parecido, às vezes até mesmo igual”, afirma.

A organização do Nubic, que é um dos Núcleos de Apoio à Pesquisa (NAPs) da USP, apoiados pela Pró-Reitoria de Pesquisa, se dá por meio dos chamados “projetos motores”. O coordenador explica que a articulação foi pensada desta forma porque, para ele, é preciso primeiro um projeto biológico para então motivar o desenvolvimento das ferramentas adequadas a ele. O grupo utiliza programas desenvolvidos em diferentes laboratórios de todo o mundo e, para os aspectos específicos de cada análise, cria também adaptações e novos programas.

Atualmente são sete os projetos motores, mas o Dr. Setubal ressalta que esta configuração não é engessada, por estar em uma área muito dinâmica. “O Nubic é muito mais do que estes projetos. Cada integrante desenvolve várias atividades, que também estão no âmbito do Núcleo, apoiadas por ele, mesmo não constando na proposta original”. Com a criação do NAP, os pesquisadores adquiriram uma máquina sequenciadora de DNA e dois computadores de grande porte, o que representou um grande avanço em termos de infraestrutura que beneficiou todos os projetos.

Genética Evolutiva

Um destes projetos envolve a análise da variação genética em populações humanas de todo o mundo, como africanos, europeus, asiáticos e nativos americanos. Liderado pelo Prof. Dr. Diogo Meyer, do Instituto de Biociências (IB) da USP, o estudo busca estabelecer comparações entre estas populações e enxergar a influência da seleção natural em sua genética. “Por exemplo, se uma mutação é muito comum na África, e muito rara no resto do mundo, há uma boa chance de que ela seja comum na África pois ela produz um efeito que favorece os indivíduos que vivem por lá”, explica.

Um estudo como esse, afirma o Dr. Meyer, pode envolver a comparação de frequências de mutações em até 20 milhões de posições no genoma. “Para realizar tais tarefas precisamos de bioinformática. Isso sem falar nos testes estatísticos que são usados para responder à questão sobre seleção, que frequentemente incluem ferramentas estatísticas que demandam muitos recursos informáticos”.

Atualmente, o projeto envolve também o estudo de uma população específica, os quilombolas do Vale do Ribeira, região localizada entre o sul do estado de São Paulo e o norte do estado do Paraná. O intuito é verificar que tipo de mistura genética originou a população e como esta mistura é influenciada pela seleção natural.

Leia mais na matéria de Aline Naoe, no canal USPOnline.

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Fonte: Aline Naoe, USP Online. Imagem: Divulgação.

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