Destaque

CASP: uma nova ponte entre Ciências da Vida e Ciência de Dados

Fonte

Universidade Umeå

Data

terça-feira. 7 dezembro 2021 11:20

CASP significa ‘Computational Analytics Support Platform‘ –  e é uma nova plataforma de análise de dados que auxilia pesquisadores na análise de seus dados para compreender sistemas químicos e biológicos complexos. Isso é alcançado por meio de estratégias e ferramentas de modelagem avançadas baseadas em dados e computação. A coordenadora da plataforma é a pesquisadora Dra. Katie Bennett, do Departamento de Química da Universidade Umeå, na Suécia. A seguir, a entrevista que a pesquisadora concedeu à universidade:

Universidade Umeå : O que é a plataforma CASP?

Dra. Katie Bennett: “A plataforma foi lançada recentemente no âmbito do Computational Life Science Cluster (CLiC) da Universidade Umeå. A [plataforma] CASP atualmente consiste em um pequeno grupo de cientistas de dados, bioquímicos e químicos analíticos. Juntos, o grupo possui forte expertise em análise de dados, além de amplo domínio de conhecimento decorrente do engajamento ativo em múltiplos projetos na área de ômica e além. É ótimo podermos todos trabalhar juntos usando nossa experiência complementar. Isso nos permite obter um entendimento completo das necessidades do cliente, não apenas em termos de análise de dados, mas também em como os dados foram gerados e, igualmente importante, a biologia por trás do projeto”.

Universidade Umeå : Que tipos de análises podem ser feitas na CASP?

Dra. Katie Bennett: “A CASP oferece uma ampla gama de ferramentas de análise de dados, permitindo que você explore tendências, padrões, relacionamentos e até mesmo previsões em grandes conjuntos de dados. O objetivo final é ajudar os pesquisadores a tirar o máximo proveito de seus dados experimentais, sendo capazes de extrair valiosas interpretações biológicas e químicas”.

“Oferecemos ferramentas e soluções em Inteligência Artificial/deep learning, machine learning, análise de dados multivariados (MVA), estatística univariada e design estatístico experimental. Nosso foco principal é a MVA, que é uma técnica estatística usada para a análise de dados envolvendo mais de dois tipos de medidas ou observações. Um exemplo perfeito seria a análise de dados metabolômicos, que explora a abundância de muitos metabólitos e frequentemente de vários temas. Esses tipos de métodos permitem que você explore as relações em seus dados e identifique as variáveis ​​(neste caso, metabólitos) que são alteradas sob condições específicas, como doenças. Exemplos de técnicas de MVA incluem análise de componente principal (PCA), projeções ortogonais (OPLS) para estruturas latentes e análise de dados multibloco (O2PLS/OnPLS). Uma lista completa das análises que fornecemos pode ser encontrada em nosso site”.

“Também temos ferramentas para ajudar na concepção do seu projeto. Por exemplo, para escolher um conjunto representativo de amostras a serem analisadas em uma coorte muito maior, minimizando qualquer viés na seleção. ”

Universidade Umeå : Quais pesquisadores e áreas de pesquisa são o público-alvo?

Dra. Katie Bennett: “Nosso principal grupo-alvo são pesquisadores de ciências biológicas de diversas áreas, incluindo saúde, medicina, produtos farmacêuticos, agricultura e indústria  alimentícia, para citar alguns. Um de nossos objetivos em um futuro próximo é nos tornarmos um suporte estendido para pesquisadores que usam as plataformas experimentais da Universidade Umeå, como o Swedish Metabolomics Center (SMC) e o Vibrational Spectroscopy Core Facility (ViSp). Essas impressionantes instalações de última geração geram grandes quantidades de dados e muitas vezes pode ser difícil saber a melhor maneira de analisar e interpretar esses dados em um contexto biológico ou químico. É aqui que nós da CASP queremos entrar para ajudar a se tornar uma ponte entre as Ciências da Vida e a Ciência de dados”.

“Embora sejamos principalmente uma plataforma de serviços, também pretendemos treinar pesquisadores nos métodos que utilizamos. O objetivo é que eles possam sair com confiança para usar as próprias ferramentas em estudos futuros”.

Universidade Umeå : Quais são suas atividades de coordenadora?

Dra. Katie Bennett: “Minha função como coordenadora é muito variada, algo que gosto e consigo me manter sempre alerta! Como parte da CASP, minhas tarefas diárias incluem reuniões com clientes, planejamento de atividades e projetos dentro da plataforma, elaboração de relatórios e até planejamento orçamentário. As relações públicas da plataforma têm sido um papel importante durante a nossa fase inicial e no alcance de potenciais clientes, seja por e-mail, telefone, redes sociais ou através da realização de seminários em várias reuniões departamentais.  Outro lado do meu trabalho é a execução de projetos de metabolômica. Isso me dá a oportunidade de voltar ao laboratório, o que sempre adorei fazer”.

Acesse a notícia completa na página da Universidade Umeå (m inglês).

Fonte: Ingrid Söderbergh, Universidade Umeå.

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